監修・執筆：中山慎吾（トランス税理士法人 代表税理士）

医療費が多かった年や副業の収入があった年など、会社員にも確定申告が必要になる年があります。
税務署に行かずに自宅から申告を済ませる方法が、国税庁のオンライン申告の仕組み「e-Tax」です。

この記事では、e-Taxで最後まで送信するために先にそろえておくもの、手続が途中で止まりやすい箇所、
そして自分で進めるか税理士に頼むかの分かれ目を、会社員の場面に沿って整理します。

この記事で分かること

e-Taxでできることと、確定申告書等作成コーナーの関係

e-Tax（国税電子申告・納税システム）は、
確定申告書などをインターネットで税務署に提出するための国の仕組みです。

会社員が確定申告で使う場合、入口になるのは国税庁ホームページの「確定申告書等作成コーナー」です。
画面の案内に沿って源泉徴収票や控除の金額を入力すると税額が自動で計算され、
でき上がった申告書のデータをそのままe-Taxで送信できます。
作成した申告書を印刷して、書面で提出することもできます。

なお、そもそも確定申告が必要かどうかの判定は、この記事では扱いません。
判定の考え方は サラリーマンの確定申告「やる・やらない」判定マップ をご覧ください。
この記事は、申告が必要だと分かった方がe-Taxで提出を終えるまでの準備に絞っています。

e-Taxを使う主な利点

国税庁は、給与所得者がe-Taxを使う主な利点として、
確定申告期間中は24時間提出できること、スマホやパソコンから直接送信できること、
還付申告の場合に書面より早く還付金を受け取れること、
生命保険料控除の証明書といった書類を添付せずに済むことを挙げています。

還付申告の処理は3週間程度が目安

還付の早さについて、国税庁は「自宅や税理士事務所等からe-Tax（電子申告）で提出された還付申告は３週間程度で処理しています」としています。
これは税務署で処理する期間の目安で、口座に振り込まれる日を約束するものではありません。

同じ年分について訂正の申告をするなど複数回の申告がある場合や、書類に不備がある場合、
書面で別に書類を送った場合は、e-Taxで提出していても3週間程度での処理の対象外になります。

また、申告が集中する2月・3月の確定申告期間中は、還付金の支払手続に、
おおむね1か月から1か月半程度かかるとされています（国税庁の還付に関するQ&A）。

送信できる時間とメンテナンス

送信できる時間は、e-Taxの公式ページで「メンテナンス時間を除き、24時間ご利用いただけます」と案内されています。
実際の予定は月ごとのカレンダーで公開されており、2025年は月曜の0時から8時30分までと、
土日を中心に月に1〜3回ほど終日止まる日がありました（確定申告期間中は終日止まる日はありませんでした）。
止まる日は年や月によって変わるため、提出する前にe-Taxの利用可能時間を確認してください。

始める前にそろえるもの

e-Taxで送信するまでに必要なものは、「送信に使う機器」と「申告に使う資料」の2つに分かれます。
作成コーナーは途中でデータを保存して再開できますが、
送信の直前で機器やパスワードが足りないことに気づくと、そこで手が止まります。
始める前に次の表で確認してください。

送信に使う機器

作り方	必要なもの	確認しておくこと
スマホだけで作って送る	マイナンバーカード読取対応のスマホ マイナンバーカード マイナアプリ	使っているスマホが読取に対応しているか。 マイナアプリを先に インストールしておく
パソコンで作って送る	パソコン 読取対応のスマホ、またはICカードリーダライタ マイナンバーカード	カードを読み取る手段が そろっているか。 スマホで読み取る場合も マイナアプリが必要

読取に対応したスマホの機種は、マイナポータルの「よくあるご質問」で確認できます。
必要なものの詳細は国税庁の案内にまとまっています。
対応機種は見直されることがあるため、前の年に使えたスマホでも、機種を変えた場合は確認してください。

申告に使う資料

資料	使う場面	確認しておくこと
源泉徴収票	給与の収入と、すでに差し引かれた所得税の入力	勤務先から受け取っているか。 年の途中で転職した場合は、 前の勤務先の分もそろっているか
控除の証明書	医療費やふるさと納税、生命保険料や地震保険料などの控除の入力	マイナポータル連携で 取り込めるものと、 紙の書類から入力するものを 分けておく
還付金を受け取る口座	還付金の振込先の入力	申告する本人の名義の口座か

マイナンバーカード方式で確認する2種類のパスワードと有効期限

e-Taxの送信方法には、マイナンバーカードを使う「マイナンバーカード方式」のほかに、
事前に届出をして発行を受けたIDとパスワードを使う「ID・パスワード方式」があります。

ただ、ID・パスワード方式は、令和7年10月1日から新しいIDとパスワードの発行が停止されており、
令和9年分の確定申告からは利用できなくなる予定です。
これから初めてe-Taxを使う方は、マイナンバーカード方式で準備してください。

2種類のパスワード

マイナンバーカード方式では、カードに入っている2種類の電子証明書（本人であることをインターネット上で証明するための仕組み）を使います。
それぞれに、カードを作ったときに自分で決めたパスワードがあります。

パスワード	使う場面	間違えたとき
利用者証明用（数字4桁）	e-Taxにログインするとき	3回続けて間違えるとロックがかかる
署名用（英数字6〜16文字）	作った申告書のデータに電子署名をして送るとき	5回続けて間違えるとロックがかかる

電子証明書の有効期限

もう一つ確認したいのが有効期限です。
国税庁の案内では、電子証明書の有効期限は年齢にかかわらず発行から5回目の誕生日まで、
マイナンバーカード自体は、18歳以上で発行した場合は発行から10回目の誕生日までです。
カードの期限が残っていても電子証明書だけ先に切れることがあり、
期限を過ぎるとe-Taxで送信できません。

確認するときは、カード本体の期限と電子証明書の期限を分けて見てください。
カード本体の期限は券面に印字されていますが、電子証明書の期限は、
カードを受け取ったときに券面に記入する欄にあります。
記入欄が空欄のときは、マイナポータルにログインし、
トップページの「マイナンバーカード」から確認できます（デジタル庁の有効期限・更新の案内）。
切れていたら、作成を始める前に市区町村の窓口で更新してください。

スマホ用の電子証明書

スマホで手続する場合は、スマホにマイナンバーカードの機能を入れておく「スマートフォンのマイナンバーカード」を使うと、
送信のたびにカードを読み取らなくて済みます。
国税庁の案内では、Android端末ではすでに使え、
iPhoneでも令和8年1月から使えるようになっています。
数字4桁のパスワードの代わりに、スマホの生体認証を使える機種もあります。
設定はマイナアプリの「メニュー」から行います。

源泉徴収票と控除資料を取り込む流れ（マイナポータル連携）

マイナポータル連携は、国の行政手続のオンライン窓口「マイナポータル」を通じて、
源泉徴収票や控除の証明書などのデータをまとめて取得し、
確定申告書の該当する欄に自動で入力する機能です。
作成コーナーでマイナンバーカードを使ってe-Taxで提出する場合に使えます（詳しくは国税庁の特設ページ）。
大まかな流れは次のとおりです。

1. マイナポータルで事前準備をし、取得したい証明書を選んでおく（初めて使うときに1回。取得する証明書が増えなければ、翌年以降は不要）
2. 作成コーナーで作成を始め、マイナンバーカードを読み取ってマイナポータルと連携する
3. 取得できたデータが申告書の該当欄に自動で入力される
4. 取得できなかった資料は、手元の書類を見ながら入力する
5. 内容を確認し、署名用のパスワードで電子署名をして送信する

連携で取り込めない資料

マイナポータル連携では、すべての資料を取り込めるわけではありません。
給与の源泉徴収票が自動入力の対象になるのは、
勤務先が源泉徴収票を税務署にe-Taxで提出していることなどが条件です。
保険料やふるさと納税の証明書も、
発行元の保険会社や寄附の受付サイトがマイナポータル連携に対応している必要があり、
対応している発行元は国税庁の「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」で確認できます。

また、発行元によっては、事前準備を終えてからデータを取得できるようになるまで数日かかることがあります。
申告の直前ではなく、余裕をもって準備を始めてください。

紙の書類の提出を省略できる範囲

医療費控除・ふるさと納税・副業で追加する資料

源泉徴収票だけで済む年と違い、控除や給与以外の収入がある年は、追加で入力する資料が出てきます。
会社員に多い3つの場面で、手元にそろえるものと入力で気をつけることをまとめました。

場面	手元にそろえるもの	入力で気をつけること
医療費控除を受ける	マイナポータル連携で取得する医療費通知情報、または「医療費のお知らせ」 連携で取れない医療費の領収書 保険金など補塡された金額が分かるもの	医療費通知情報で取れるのは 保険診療分で、 はり・きゅうや整骨院・接骨院の 費用などは取れない。 取れない分は領収書から 追加で入力する
ふるさと納税をした	寄附金受領証明書 寄附の受付サイトが発行するデータ（連携に対応している場合）	寄附先ごとの金額と日付が、証明書と一致しているか
副業の収入がある	報酬の明細や振込の記録 経費の領収書 本業の源泉徴収票	どの所得に当たるかで 入力する画面が変わる。 本業の給与と分けて入力する

医療費通知情報は、例年、原則として2月9日から、
その年分の1月〜12月分をマイナポータル連携でまとめて取得できるようになります。

控除の対象になる費用の範囲やふるさと納税の上限額、副業の所得の区分といった制度そのものは、
医療費控除の対象範囲と申請マニュアル、ふるさと納税の上限額の正しい算出法、
副業・Wワークの税金と住民税 で詳しく解説しています。

住宅ローン控除の初年度

住宅ローン控除を初めて受ける年は、
先に触れた添付省略の対象に入っていない書類があります（借入金の年末残高証明書で省略できるのは、適用2年目以降のものです）。
初年度の手続は 住宅ローン控除の適用要件と初年度の確定申告 で確認してください。

副業で青色申告をしている場合

副業を事業として営み、青色申告をしている方には、e-Taxで提出することに税額上の意味もあります。
青色申告特別控除は、帳簿などの要件を満たすと55万円ですが、
さらにその年分の確定申告書と決算書を申告期限までにe-Taxで送信するなどの要件を満たすと65万円になります。
事業所得や不動産所得がある方向けの制度で、給与の収入だけの方には関係しません。

よく止まる箇所と、始める前の確認

送信の前に、電子証明書の期限、2種類のパスワード、カードを読み取る機器を確認しておくと、
手続の途中で止まる場面を減らせます。
止まりやすい場面と、先に確認しておくことを表にしました。

止まる場面	起きること	先に確認すること・対処
電子証明書の期限切れ	e-Taxで送信できない	券面の電子証明書の期限の 記入欄を見る （空欄ならマイナポータルで確認）。 切れていれば市区町村で更新する
パスワードのロック	ログインや電子署名ができない	どちらか一方のロックなら、 コンビニ等の端末で 初期化・再設定できる （スマホアプリで事前予約）。 両方ロックされた場合は 市区町村の窓口へ
スマホで読み取れない	カードの情報を読み込めない	スマホが読取対応の機種か、 マイナアプリを入れているかを 確認する
連携で取れない資料がある	自動入力されない欄が残る	勤務先や発行元が連携に 対応しているかを確認し、 取れない分は書類から入力する

パスワードが合っているか不安な場合は、送信の前に確かめる方法もあります。
公的個人認証サービスのポータルサイトで専用のソフトを入れると、
スマホやパソコンからパスワードが有効かどうかを確認できます。

送信した後に確認すること

送信が終わった直後、画面に「即時通知」が表示され、受付日時や受付番号が示されます。
その後、税務署に届いたことを示す「受信通知」が、e-Taxのメッセージボックスに届きます。
受信通知には、氏名、提出先の税務署、受付日時、受付番号などが表示されます。

即時通知や受信通知にエラーが表示されている場合は、
内容を確認して訂正のうえ再送信するか、書面で提出する必要があります。

メッセージボックスを見るときも、原則としてマイナンバーカードなどの電子証明書が必要です。
受信通知は保存期間を過ぎるとメッセージボックスから削除されるため、
送信して終わりにせず、受信通知まで確認して、
申告書の控えのデータと一緒に保存しておくと、あとで内容を確かめるときに役立ちます。

自分で進めるか、税理士に依頼するかの境界

給与と、医療費控除やふるさと納税だけの申告であれば、
ここまでの準備がそろえば作成コーナーの案内に沿って自分で送信まで進められる方が多いはずです。

一方で、次のような年は、入力する画面が増え、判断に迷う点も出てきます。

こうした場合は、無理に最後まで一人で入力せず、
途中まで作ったデータ（作成コーナーで保存したファイル）と手元の資料を持って相談すると、
どこで判断が分かれているかを短い時間で整理できます。

入力の操作そのものが分からないときは、
国税庁のヘルプデスクも使えます（このあとの「よくある質問」を参照）。

会社員・公務員の方の確定申告は、会社員向けの専用サイト サラリーマン・会社員向け確定申告サービス（sarakaku.com） で料金と対応範囲をご案内しています。それ以外のご相談や、どちらに当てはまるか分からない場合は、お問い合わせページ またはお電話（03-6456-4911、平日10:00〜18:00）からご連絡ください。

なお、事業所得のみの方や暗号資産の申告など、内容によっては対応できない場合があります。詳しくは よくある質問 をご確認ください。

年分ごとに変わる点と、国税庁の公式情報

確定申告書等作成コーナーは、「令和7年分」のように申告する年分ごとの版で用意されています。
画面の流れや使える機能、対応するスマホ、e-Taxの送信方法は年によって変わることがあり、
この記事で触れたID・パスワード方式のように、使えなくなる予定の方法もあります。

前の年と同じつもりで進めず、この記事で紹介した作成コーナー、国税庁の案内・特設ページ、
e-Taxの利用可能時間で、申告する年分の内容を確認してから始めてください。

よくある質問

まとめ

副業や株式報酬、不動産の収入が重なり、どの所得に当たるかで迷う年は、
途中まで保存したデータと資料を持って相談してください。